Juin 1983. Hinamizawa est un petite village d'apparence paisible de la campagne japonaise où le personnage principal, Keiichi Maebara, vient emménager avec sa famille. Il va très vite se lier avec quatre de ses camarades de classe, quatre jeunes filles nommées Rena Ryugū, Mion Sonozaki, Rika Furude, et Satoko Hōjō.
Leur bonne entente commence toutefois à se détériorer quand Keiichi apprend petit à petit qu'il y a eu des meurtres sanglants et dès qu'il en parle à ses amies, elles évitent soigneusement le sujet...